1、将厨余材料切成小块，有条件的可以用搅拌机打碎，这样发酵会更快。把适当比例的黑糖及水倒入塑料容器内搅拌，直到全部溶解，再倒入蔬菜水果厨余，黑糖水需掩盖浸没过酵素原料，如果原料浮上水面，需搅动使其沉浸于黑糖水中，必须让所有厨余完全浸泡在水中。由于环保酵素发酵时会膨胀，所以容器的顶端要留一部分空间，大约是容器的20%-30%，避免酵素发酵时溢出容器，最后将塑料瓶盖拧紧，并在瓶身贴上标签，写上日期，将半成品置于阴凉、通风的地方。
2、厨余原料发酵过程中会产生气体，若使用窄口容器（如饮料瓶），制作第一个月要记得每天把瓶盖稍微放松一下，适量排出气体，并且快速关闭，以免瓶子撑破，开盖时会听到“嗞嗞”声，这就是发酵的声音，宽口容器则因气体会自然被挤出，无上述问题。一个月后就不会再有膨胀的气体溢出了，只需要放置在空气流通、阴凉的地方，发酵3个月就可以用了，冬天时间稍微长一点。
3、环保酵素在第一个月发酵的时候，会有酒的味道，第二个月会有酸酸的味道，那个是醋酸，最后厨余原料经分解后产生环保酵素。酵素原料分解和发酵要历时3个月后即可使用，6个月以上最好，发酵期越久效果越佳，约陈越醇不会过期。制作酵素若一时无法收集足够份量的鲜垃圾，可陆续分次加入鲜垃圾，并且加入相应的红糖和水，制作日期以最后一次加入厨余为准。环保酵素应该放置于空气流通的阴凉处，避免阳光直接照射，切勿置放于冰箱内，低温会降低酵素的活性。