1、菌种风险
羊肚菌是子囊菌，这就决定了羊肚菌遗传的不稳定性，购买或者选育优良的菌种，是羊肚菌栽培的前提。
2、气候风险
羊肚菌是低温出菇的品种，能够满足羊肚菌合适出菇温度的时间很短，如果气候反常，或者错过季节，羊肚菌无法正常出菇。
3、污染风险
羊肚菌是开放式栽培的品种，相比较熟料栽培的品种，更容易污染，以及出现病虫害。
4、技术风险
羊肚菌的栽培技术相对前几年成熟了很多，但是并没有完全成熟，特别是刚刚接触羊肚菌的朋友，一定要重视技术。
5、单产风险
羊肚菌的单产范围很大，如果单产很低，成本有很高，不但不能盈利，反而会亏损。
6、市场风险
羊肚菌也是一种农产品，也具有农产品价格不稳定的特点，提高单产、降低成本，是抵御风险的唯一方法。